Übergeordnete gemeinsame Zielsetzung ist es, biotechnische Verfahren zur Herstellung von Pharma- und Chemieprodukten zu entwickeln.

In diesem Rahmen bearbeitet das IBT-1 mikrobiologische, biochemische und genetische Forschungs-themen. Von besonderem Interesse sind sowohl Enzyme für die Stoffumwandlung wie auch Mikroorganismen für die Gewinnung von L-Aminosäuren, anderen organischen Säuren sowie Vitaminen. Zum Verständnis von Stoffflüssen werden in-vivo-Stoffwechselaktivitäten mit Hilfe der NMR-Spektroskopie bestimmt. Weiterhin werden Untersuchungen zur Regulation von Synthese und Transport extrazellulärer Proteine bei grampositiven Bakterien durchgeführt.

Das IBT-2 befasst sich mit reaktions- und verfahrenstechnischen Aspekten der Biotechnologie. Hierbei werden Mikroorganismen zur Gewinnung von Primärmetaboliten (z.B. Aminosäuren), sowie Mikroorganismen und Säugerzellen zur Herstellung von Proteinen eingesetzt. Sowohl durch stationäre als auch durch dynamische Fermentationsexperimente werden detaillierte mikrobielle Stoffwechselmodelle quantifiziert und für eine zielgerichtete Stammentwicklung bereitgestellt. Für die Synthese chiraler Bausteine und Wirkstoffe werden enzymkatalysierte und klassische Schritte kombiniert.