Die ZFR ist eine wissenschaftlich-technische Gemeinschaftseinrichtung, deren Hauptaufgabe es ist, den Forschungsreaktor FRJ-2 einschließlich der Experimentiereinrichtungen wie Kalte Quelle und Bestrahlungsanlagen zu betreiben. Dies schließt die Durchführung von Bestrahlungen einschließlich Verpackung und Versand der Proben sowie die Beschaffung der frischen und die Entsorgung der abgebrannten Brennelemente ein. Der Betrieb wird begleitet durch eigene theoretische Analysen mit modernsten Rechenprogrammen zur Neutronenphysik und Thermohydraulik. Neben den Betriebsaufgaben bilden Arbeiten zur Sicherung des mittelfristigen Weiterbetriebes des Reaktors einen weiteren Schwerpunkt. Dazu gehören Maßnahmen zur Erhöhung der Betriebszuverlässigkeit, der Verfügbarkeit und Wirtschaftlichkeit und zur Erhaltung des Standes von Wissenschaft und Technik bei der Schadensvorsorge. Über die Wahrnehmung der Entsorgung der eigenen Brennelemente (BE) hinaus arbeitet die ZFR mit bei den vom BMWi geförderten Arbeiten für einen nationalen Entsorgungsweg von Forschungsreaktor-BE. Die ZFR gliedert sich in vier Abteilungen: eine für den Betrieb des Reaktors, die zweite für den Betrieb der Experimente und die Handhabung von aktivierten Komponenten, die dritte für Wartung und Instandsetzung und die vierte für Überwachungsaufgaben. Angegliedert ist das externe Neutronenleiterlabor für Experimente mit kalten Neutronen. Die Wartungsmannschaft verfügt über eine eigene mechanische Werkstatt und über elektrotechnische Labors für die Instandhaltung der leittechnischen Einrichtungen und der Strahlenschutzinstrumentierung.