TY  - JOUR
AU  - Ni, Guiyan
AU  - Zeng, Jian
AU  - Revez, Joana A.
AU  - Wang, Ying
AU  - Zheng, Zhili
AU  - Ge, Tian
AU  - Restuadi, Restuadi
AU  - Kiewa, Jacqueline
AU  - Nyholt, Dale R.
AU  - Coleman, Jonathan R. I.
AU  - Smoller, Jordan W.
AU  - Yang, Jian
AU  - Visscher, Peter M.
AU  - Wray, Naomi R.
AU  - Ripke, Stephan
AU  - Neale, Benjamin M.
AU  - Corvin, Aiden
AU  - Walters, James T. R.
AU  - Farh, Kai-How
AU  - Holmans, Peter A.
AU  - Lee, Phil
AU  - Bulik-Sullivan, Brendan
AU  - Collier, David A.
AU  - Huang, Hailiang
AU  - Pers, Tune H.
AU  - Agartz, Ingrid
AU  - Agerbo, Esben
AU  - Albus, Margot
AU  - Alexander, Madeline
AU  - Amin, Farooq
AU  - Bacanu, Silviu A.
AU  - Begemann, Martin
AU  - Belliveau, Richard A.
AU  - Bene, Judit
AU  - Bergen, Sarah E.
AU  - Bevilacqua, Elizabeth
AU  - Bigdeli, Tim B.
AU  - Black, Donald W.
AU  - Bruggeman, Richard
AU  - Buccola, Nancy G.
AU  - Buckner, Randy L.
AU  - Byerley, William
AU  - Cahn, Wiepke
AU  - Cai, Guiqing
AU  - Campion, Dominique
AU  - Cantor, Rita M.
AU  - Carr, Vaughan J.
AU  - Carrera, Noa
AU  - Catts, Stanley V.
AU  - Chambert, Kimberley D.
AU  - Chan, Raymond C. K.
AU  - Chen, Ronald Y. L.
AU  - Chen, Eric Y. H.
AU  - Cheng, Wei
AU  - Cheung, Eric F. C.
AU  - Chong, Siow Ann
AU  - Cloninger, C. Robert
AU  - Cohen, David
AU  - Cohen, Nadine
AU  - Cormican, Paul
AU  - Craddock, Nick
AU  - Crowley, James J.
AU  - Davidson, Michael
AU  - Davis, Kenneth L.
AU  - Degenhardt, Franziska
AU  - Del Favero, Jurgen
AU  - Demontis, Ditte
AU  - Dikeos, Dimitris
AU  - Dinan, Timothy
AU  - Djurovic, Srdjan
AU  - Donohoe, Gary
AU  - Drapeau, Elodie
AU  - Duan, Jubao
AU  - Dudbridge, Frank
AU  - Durmishi, Naser
AU  - Eichhammer, Peter
AU  - Eriksson, Johan
AU  - Escott-Price, Valentina
AU  - Essioux, Laurent
AU  - Fanous, Ayman H.
AU  - Farrell, Martilias S.
AU  - Frank, Josef
AU  - Franke, Lude
AU  - Freedman, Robert
AU  - Freimer, Nelson B.
AU  - Friedl, Marion
AU  - Friedman, Joseph I.
AU  - Fromer, Menachem
AU  - Genovese, Giulio
AU  - Georgieva, Lyudmila
AU  - Giegling, Ina
AU  - Giusti-Rodríguez, Paola
AU  - Godard, Stephanie
AU  - Goldstein, Jacqueline I.
AU  - Golimbet, Vera
AU  - Gopal, Srihari
AU  - Gratten, Jacob
AU  - de Haan, Lieuwe
AU  - Hammer, Christian
AU  - Hamshere, Marian L.
AU  - Hansen, Mark
AU  - Hansen, Thomas
AU  - Haroutunian, Vahram
AU  - Hartmann, Annette M.
AU  - Henskens, Frans A.
AU  - Herms, Stefan
AU  - Hirschhorn, Joel N.
AU  - Hoffmann, Per
AU  - Hofman, Andrea
AU  - Hollegaard, Mads V.
AU  - Hougaard, David M.
AU  - Ikeda, Masashi
AU  - Joa, Inge
AU  - Julià, Antonio
AU  - Kahn, René S.
AU  - Kalaydjieva, Luba
AU  - Karachanak-Yankova, Sena
AU  - Karjalainen, Juha
AU  - Kavanagh, David
AU  - Keller, Matthew C.
AU  - Kennedy, James L.
AU  - Khrunin, Andrey
AU  - Kim, Yunjung
AU  - Klovins, Janis
AU  - Knowles, James A.
AU  - Konte, Bettina
AU  - Kucinskas, Vaidutis
AU  - Kucinskiene, Zita Ausrele
AU  - Kuzelova-Ptackova, Hana
AU  - Kähler, Anna K.
AU  - Laurent, Claudine
AU  - Lee, Jimmy
AU  - Lee, S. Hong
AU  - Legge, Sophie E.
AU  - Lerer, Bernard
AU  - Li, Miaoxin
AU  - Li, Tao
AU  - Liang, Kung-Yee
AU  - Lieberman, Jeffrey
AU  - Limborska, Svetlana
AU  - Loughland, Carmel M.
AU  - Lubinski, Jan
AU  - Lönnqvist, Jouko
AU  - Macek, Milan
AU  - Magnusson, Patrik K. E.
AU  - Maher, Brion S.
AU  - Maier, Wolfgang
AU  - Mallet, Jacques
AU  - Marsal, Sara
AU  - Mattheisen, Manuel
AU  - Mattingsdal, Morten
AU  - McCarley, Robert W.
AU  - McDonald, Colm
AU  - McIntosh, Andrew M.
AU  - Meier, Sandra
AU  - Meijer, Carin J.
AU  - Melegh, Bela
AU  - Melle, Ingrid
AU  - Mesholam-Gately, Raquelle I.
AU  - Metspalu, Andres
AU  - Michie, Patricia T.
AU  - Milani, Lili
AU  - Milanova, Vihra
AU  - Mokrab, Younes
AU  - Morris, Derek W.
AU  - Mors, Ole
AU  - Murphy, Kieran C.
AU  - Murray, Robin M.
AU  - Myin-Germeys, Inez
AU  - Müller-Myhsok, Bertram
AU  - Nelis, Mari
AU  - Nenadic, Igor
AU  - Nertney, Deborah A.
AU  - Nestadt, Gerald
AU  - Nicodemus, Kristin K.
AU  - Nikitina-Zake, Liene
AU  - Nisenbaum, Laura
AU  - Nordin, Annelie
AU  - O’Callaghan, Eadbhard
AU  - O’Dushlaine, Colm
AU  - O’Neill, F. Anthony
AU  - Oh, Sang-Yun
AU  - Olincy, Ann
AU  - Olsen, Line
AU  - Van Os, Jim
AU  - International Consortium, Psychosis Endophenotypes
AU  - Pantelis, Christos
AU  - Papadimitriou, George N.
AU  - Papiol, Sergi
AU  - Parkhomenko, Elena
AU  - Pato, Michele T.
AU  - Paunio, Tiina
AU  - Pejovic-Milovancevic, Milica
AU  - Perkins, Diana O.
AU  - Pietiläinen, Olli
AU  - Pimm, Jonathan
AU  - Pocklington, Andrew J.
AU  - Powell, John
AU  - Price, Alkes
AU  - Pulver, Ann E.
AU  - Purcell, Shaun M.
AU  - Quested, Digby
AU  - Rasmussen, Henrik B.
AU  - Reichenberg, Abraham
AU  - Reimers, Mark A.
AU  - Richards, Alexander L.
AU  - Roffman, Joshua L.
AU  - Roussos, Panos
AU  - Ruderfer, Douglas M.
AU  - Salomaa, Veikko
AU  - Sanders, Alan R.
AU  - Schall, Ulrich
AU  - Schubert, Christian R.
AU  - Schulze, Thomas G.
AU  - Schwab, Sibylle G.
AU  - Scolnick, Edward M.
AU  - Scott, Rodney J.
AU  - Seidman, Larry J.
AU  - Shi, Jianxin
AU  - Sigurdsson, Engilbert
AU  - Silagadze, Teimuraz
AU  - Silverman, Jeremy M.
AU  - Sim, Kang
AU  - Slominsky, Petr
AU  - Smoller, Jordan W.
AU  - So, Hon-Cheong
AU  - Spencer, Chris C. A.
AU  - Stahl, Eli A.
AU  - Stefansson, Hreinn
AU  - Steinberg, Stacy
AU  - Stogmann, Elisabeth
AU  - Straub, Richard E.
AU  - Strengman, Eric
AU  - Strohmaier, Jana
AU  - Stroup, T. Scott
AU  - Subramaniam, Mythily
AU  - Suvisaari, Jaana
AU  - Svrakic, Dragan M.
AU  - Szatkiewicz, Jin P.
AU  - Söderman, Erik
AU  - Thirumalai, Srinivas
AU  - Toncheva, Draga
AU  - Tosato, Sarah
AU  - Veijola, Juha
AU  - Waddington, John
AU  - Walsh, Dermot
AU  - Wang, Dai
AU  - Wang, Qiang
AU  - Webb, Bradley T.
AU  - Weiser, Mark
AU  - Wildenauer, Dieter B.
AU  - Williams, Nigel M.
AU  - Williams, Stephanie
AU  - Witt, Stephanie H.
AU  - Wolen, Aaron R.
AU  - Wong, Emily H. M.
AU  - Wormley, Brandon K.
AU  - Xi, Hualin Simon
AU  - Zai, Clement C.
AU  - Zheng, Xuebin
AU  - Zimprich, Fritz
AU  - Wray, Naomi R.
AU  - Stefansson, Kari
AU  - Visscher, Peter M.
AU  - Case-Control Consortium, Wellcome Trust
AU  - Adolfsson, Rolf
AU  - Andreassen, Ole A.
AU  - Blackwood, Douglas H. R.
AU  - Bramon, Elvira
AU  - Buxbaum, Joseph D.
AU  - Børglum, Anders D.
AU  - Cichon, Sven
AU  - Darvasi, Ariel
AU  - Domenici, Enrico
AU  - Ehrenreich, Hannelore
AU  - Esko, Tõnu
AU  - Gejman, Pablo V.
AU  - Gill, Michael
AU  - Gurling, Hugh
AU  - Hultman, Christina M.
AU  - Iwata, Nakao
AU  - Jablensky, Assen V.
AU  - Jönsson, Erik G.
AU  - Kendler, Kenneth S.
AU  - Kirov, George
AU  - Knight, Jo
AU  - Lencz, Todd
AU  - Levinson, Douglas F.
AU  - Li, Qingqin S.
AU  - Liu, Jianjun
AU  - Malhotra, Anil K.
AU  - McCarroll, Steven A.
AU  - McQuillin, Andrew
AU  - Moran, Jennifer L.
AU  - Mortensen, Preben B.
AU  - Mowry, Bryan J.
AU  - Nöthen, Markus M.
AU  - Ophoff, Roel A.
AU  - Owen, Michael J.
AU  - Palotie, Aarno
AU  - Pato, Carlos N.
AU  - Petryshen, Tracey L.
AU  - Posthuma, Danielle
AU  - Rietschel, Marcella
AU  - Riley, Brien P.
AU  - Rujescu, Dan
AU  - Sham, Pak C.
AU  - Sklar, Pamela
AU  - St Clair, David
AU  - Weinberger, Daniel R.
AU  - Wendland, Jens R.
AU  - Werge, Thomas
AU  - Daly, Mark J.
AU  - Sullivan, Patrick F.
AU  - O’Donovan, Michael C.
AU  - Wray, Naomi R.
AU  - Ripke, Stephan
AU  - Mattheisen, Manuel
AU  - Trzaskowski, Maciej
AU  - Byrne, Enda M.
AU  - Abdellaoui, Abdel
AU  - Adams, Mark J.
AU  - Agerbo, Esben
AU  - Air, Tracy M.
AU  - Andlauer, Till F. M.
AU  - Bacanu, Silviu-Alin
AU  - Bækvad-Hansen, Marie
AU  - Beekman, Aartjan T. F.
AU  - Bigdeli, Tim B.
AU  - Binder, Elisabeth B.
AU  - Bryois, Julien
AU  - Buttenschøn, Henriette N.
AU  - Bybjerg-Grauholm, Jonas
AU  - Cai, Na
AU  - Castelao, Enrique
AU  - Christensen, Jane Hvarregaard
AU  - Clarke, Toni-Kim
AU  - Coleman, Jonathan R. I.
AU  - Colodro-Conde, Lucía
AU  - Couvy-Duchesne, Baptiste
AU  - Craddock, Nick
AU  - Crawford, Gregory E.
AU  - Davies, Gail
AU  - Deary, Ian J.
AU  - Degenhardt, Franziska
AU  - Derks, Eske M.
AU  - Direk, Nese
AU  - Dolan, Conor V.
AU  - Dunn, Erin C.
AU  - Eley, Thalia C.
AU  - Escott-Price, Valentina
AU  - Hassan Kiadeh, Farnush Farhadi
AU  - Finucane, Hilary K.
AU  - Foo, Jerome C.
AU  - Forstner, Andreas J.
AU  - Frank, Josef
AU  - Gaspar, Héléna A.
AU  - Gill, Michael
AU  - Goes, Fernando S.
AU  - Gordon, Scott D.
AU  - Grove, Jakob
AU  - Hall, Lynsey S.
AU  - Hansen, Christine Søholm
AU  - Hansen, Thomas F.
AU  - Herms, Stefan
AU  - Hickie, Ian B.
AU  - Hoffmann, Per
AU  - Homuth, Georg
AU  - Horn, Carsten
AU  - Hottenga, Jouke-Jan
AU  - Hougaard, David M.
AU  - Howard, David M.
AU  - Ising, Marcus
AU  - Jansen, Rick
AU  - Jones, Ian
AU  - Jones, Lisa A.
AU  - Jorgenson, Eric
AU  - Knowles, James A.
AU  - Kohane, Isaac S.
AU  - Kraft, Julia
AU  - Kretzschmar, Warren W.
AU  - Kutalik, Zoltán
AU  - Li, Yihan
AU  - Lind, Penelope A.
AU  - MacIntyre, Donald J.
AU  - MacKinnon, Dean F.
AU  - Maier, Robert M.
AU  - Maier, Wolfgang
AU  - Marchini, Jonathan
AU  - Mbarek, Hamdi
AU  - McGrath, Patrick
AU  - McGuffin, Peter
AU  - Medland, Sarah E.
AU  - Mehta, Divya
AU  - Middeldorp, Christel M.
AU  - Mihailov, Evelin
AU  - Milaneschi, Yuri
AU  - Milani, Lili
AU  - Mondimore, Francis M.
AU  - Montgomery, Grant W.
AU  - Mostafavi, Sara
AU  - Mullins, Niamh
AU  - Nauck, Matthias
AU  - Ng, Bernard
AU  - Nivard, Michel G.
AU  - Nyholt, Dale R.
AU  - O’Reilly, Paul F.
AU  - Oskarsson, Hogni
AU  - Owen, Michael J.
AU  - Painter, Jodie N.
AU  - Pedersen, Carsten Bøcker
AU  - Pedersen, Marianne Giørtz
AU  - Peterson, Roseann E.
AU  - Peyrot, Wouter J.
AU  - Pistis, Giorgio
AU  - Posthuma, Danielle
AU  - Quiroz, Jorge A.
AU  - Qvist, Per
AU  - Rice, John P.
AU  - Riley, Brien P.
AU  - Rivera, Margarita
AU  - Mirza, Saira Saeed
AU  - Schoevers, Robert
AU  - Schulte, Eva C.
AU  - Shen, Ling
AU  - Shi, Jianxin
AU  - Shyn, Stanley I.
AU  - Sigurdsson, Engilbert
AU  - Sinnamon, Grant C. B.
AU  - Smit, Johannes H.
AU  - Smith, Daniel J.
AU  - Stefansson, Hreinn
AU  - Steinberg, Stacy
AU  - Streit, Fabian
AU  - Strohmaier, Jana
AU  - Tansey, Katherine E.
AU  - Teismann, Henning
AU  - Teumer, Alexander
AU  - Thompson, Wesley
AU  - Thomson, Pippa A.
AU  - Thorgeirsson, Thorgeir E.
AU  - Traylor, Matthew
AU  - Treutlein, Jens
AU  - Trubetskoy, Vassily
AU  - Uitterlinden, André G.
AU  - Umbricht, Daniel
AU  - Van der Auwera, Sandra
AU  - van Hemert, Albert M.
AU  - Viktorin, Alexander
AU  - Visscher, Peter M.
AU  - Wang, Yunpeng
AU  - Webb, Bradley T.
AU  - Weinsheimer, Shantel Marie
AU  - Wellmann, Jürgen
AU  - Willemsen, Gonneke
AU  - Witt, Stephanie H.
AU  - Wu, Yang
AU  - Xi, Hualin S.
AU  - Yang, Jian
AU  - Zhang, Futao
AU  - Arolt, Volker
AU  - Baune, Bernhard T.
AU  - Berger, Klaus
AU  - Boomsma, Dorret I.
AU  - Cichon, Sven
AU  - Dannlowski, Udo
AU  - de Geus, E. J. C.
AU  - DePaulo, J. Raymond
AU  - Domenici, Enrico
AU  - Domschke, Katharina
AU  - Esko, Tõnu
AU  - Grabe, Hans J.
AU  - Hamilton, Steven P.
AU  - Hayward, Caroline
AU  - Heath, Andrew C.
AU  - Kendler, Kenneth S.
AU  - Kloiber, Stefan
AU  - Lewis, Glyn
AU  - Li, Qingqin S.
AU  - Lucae, Susanne
AU  - Madden, Pamela A. F.
AU  - Magnusson, Patrik K.
AU  - Martin, Nicholas G.
AU  - McIntosh, Andrew M.
AU  - Metspalu, Andres
AU  - Mors, Ole
AU  - Mortensen, Preben Bo
AU  - Müller-Myhsok, Bertram
AU  - Nordentoft, Merete
AU  - Nöthen, Markus M.
AU  - O’Donovan, Michael C.
AU  - Paciga, Sara A.
AU  - Pedersen, Nancy L.
TI  - A Comparison of Ten Polygenic Score Methods for Psychiatric Disorders Applied Across Multiple Cohorts
JO  - Biological psychiatry
VL  - 90
IS  - 9
SN  - 0006-3223
CY  - Amsterdam [u.a.]
PB  - Elsevier Science
M1  - FZJ-2021-03591
SP  - 611-620
PY  - 2021
AB  - BackgroundPolygenic scores (PGSs), which assess the genetic risk of individuals for a disease, are calculated as a weighted count of risk alleles identified in genome-wide association studies. PGS methods differ in which DNA variants are included and the weights assigned to them; some require an independent tuning sample to help inform these choices. PGSs are evaluated in independent target cohorts with known disease status. Variability between target cohorts is observed in applications to real data sets, which could reflect a number of factors, e.g., phenotype definition or technical factors.MethodsThe Psychiatric Genomics Consortium Working Groups for schizophrenia and major depressive disorder bring together many independently collected case-control cohorts. We used these resources (31,328 schizophrenia cases, 41,191 controls; 248,750 major depressive disorder cases, 563,184 controls) in repeated application of leave-one-cohort-out meta-analyses, each used to calculate and evaluate PGS in the left-out (target) cohort. Ten PGS methods (the baseline PC+T method and 9 methods that model genetic architecture more formally: SBLUP, LDpred2-Inf, LDpred-funct, LDpred2, Lassosum, PRS-CS, PRS-CS-auto, SBayesR, MegaPRS) were compared.ResultsCompared with PC+T, the other 9 methods gave higher prediction statistics, MegaPRS, LDPred2, and SBayesR significantly so, explaining up to 9.2% variance in liability for schizophrenia across 30 target cohorts, an increase of 44%. For major depressive disorder across 26 target cohorts, these statistics were 3.5% and 59%, respectively.
LB  - PUB:(DE-HGF)16
C6  - pmid:34304866
UR  - <Go to ISI:>//WOS:000719390100006
DO  - DOI:10.1016/j.biopsych.2021.04.018
UR  - https://juser.fz-juelich.de/record/897092
ER  -