http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png
Gene expression imputation across multiple brain regions provides insights into schizophrenia risk.
Huckins, L. M. (Corresponding author) ; Dobbyn, A. ; Ruderfer, D. M. ; Hoffman, G. ; Wang, W. ; Pardiñas, A. F. ; Rajagopal, V. M. ; Als, T. D. ; T Nguyen, H. ; Girdhar, K. ; Boocock, J. ; Roussos, P. ; Fromer, M. ; Kramer, R. ; Domenici, E. ; Gamazon, E. R. ; Purcell, S. ; Consortium, C. (Collaboration Author) ; Consortium, S. W. G. o. t. P. G. (Collaboration Author) ; Group, i. S. W. (Collaboration Author) ; Demontis, D. ; Børglum, A. D. ; Walters, J. T. R. ; O'Donovan, M. C. ; Sullivan, P. ; Owen, M. J. ; Devlin, B. ; Sieberts, S. K. ; Cox, N. J. ; Im, H. K. ; Sklar, P. ; Stahl, E. A. ; Johnson, J. S. ; Shah, H. R. ; Klein, L. L. ; Dang, K. K. ; Logsdon, B. A. ; Mahajan, M. C. ; Mangravite, L. M. ; Toyoshiba, H. ; Gur, R. E. ; Hahn, C.-G. ; Schadt, E. ; Lewis, D. A. ; Haroutunian, V. ; Peters, M. A. ; Lipska, B. K. ; Buxbaum, J. D. ; Hirai, K. ; Perumal, T. M. ; Essioux, L. ; Ripke, S. ; Neale, B. M. ; Corvin, A. ; Walters, J. T. R. ; Farh, K.-H. ; Holmans, P. A. ; Lee, P. ; Bulik-Sullivan, B. ; Collier, D. A. ; Huang, H. ; Pers, T. H. ; Agartz, I. ; Agerbo, E. ; Albus, M. ; Alexander, M. ; Amin, F. ; Bacanu, S. A. ; Begemann, M. ; Belliveau, R. A. ; Bene, J. ; Bergen, S. E. ; Bevilacqua, E. ; Bigdeli, T. B. ; Black, D. W. ; Bruggeman, R. ; Buccola, N. G. ; Buckner, R. L. ; Byerley, W. ; Cahn, W. ; Cai, G. ; Campion, D. ; Cantor, R. M. ; Carr, V. J. ; Carrera, N. ; Catts, S. V. ; Chambert, K. D. ; Chan, R. C. K. ; Chen, R. Y. L. ; Chen, E. Y. H. ; Cheng, W. ; Cheung, E. F. C. ; Chong, S. A. ; Cloninger, C. R. ; Cohen, D. ; Cohen, N. ; Cormican, P. ; Craddock, N. ; Crowley, J. J. ; Curtis, D. ; Davidson, M. ; Davis, K. L. ; Degenhardt, F. ; Del Favero, J. ; Demontis, D. ; Dikeos, D. ; Dinan, T. ; Djurovic, S. ; Donohoe, G. ; Drapeau, E. ; Duan, J. ; Dudbridge, F. ; Durmishi, N. ; Eichhammer, P. ; Eriksson, J. ; Escott-Price, V. ; Essioux, L. ; Fanous, A. H. ; Farrell, M. S. ; Frank, J. ; Franke, L. ; Freedman, R. ; Freimer, N. B. ; Friedl, M. ; Friedman, J. I. ; Fromer, M. ; Genovese, G. ; Georgieva, L. ; Giegling, I. ; Giusti-Rodríguez, P. ; Godard, S. ; Goldstein, J. I. ; Golimbet, V. ; Gopal, S. ; Gratten, J. ; de Haan, L. ; Hammer, C. ; Hamshere, M. L. ; Hansen, M. ; Hansen, T. ; Haroutunian, V. ; Hartmann, A. M. ; Henskens, F. A. ; Herms, S. ; Hirschhorn, J. N. ; Hoffmann, P. ; Hofman, A. ; Hollegaard, M. V. ; Hougaard, D. M. ; Ikeda, M. ; Joa, I. ; Julia, A. ; Kahn, R. S. ; Kalaydjieva, L. ; Karachanak-Yankova, S. ; Karjalainen, J. ; Kavanagh, D. ; Keller, M. C. ; Kennedy, J. L. ; Khrunin, A. ; Kim, Y. ; Klovins, J. ; Knowles, J. A. ; Konte, B. ; Kucinskas, V. ; Kucinskiene, Z. A. ; Kuzelova-Ptackova, H. ; Kahler, A. K. ; Laurent, C. ; Keong, J. L. C. ; Lee, S. H. ; Legge, S. E. ; Lerer, B. ; Li, M. ; Li, T. ; Liang, K.-Y. ; Lieberman, J. ; Limborska, S. ; Loughland, C. M. ; Lubinski, J. ; Lonnqvist, J. ; Macek, M. ; Magnusson, P. K. E. ; Maher, B. S. ; Maier, W. ; Mallet, J. ; Marsal, S. ; Mattheisen, M. ; Mattingsdal, M. ; McCarley, R. W. ; McDonald, C. ; McIntosh, A. M. ; Meier, S. ; Meijer, C. J. ; Melegh, B. ; Melle, I. ; Mesholam-Gately, R. I. ; Metspalu, A. ; Michie, P. T. ; Milani, L. ; Milanova, V. ; Mokrab, Y. ; Morris, D. W. ; Mors, O. ; Murphy, K. C. ; Murray, R. M. ; Myin-Germeys, I. ; Muller-Myhsok, B. ; Nelis, M. ; Nenadic, I. ; Nertney, D. A. ; Nestadt, G. ; Nicodemus, K. K. ; Nikitina-Zake, L. ; Nisenbaum, L. ; Nordin, A. ; O'Callaghan, E. ; O'Dushlaine, C. ; O'Neill, F. A. ; Oh, S.-Y. ; Olincy, A. ; Olsen, L. ; Van Os, J. ; Pantelis, C. ; Papadimitriou, G. N. ; Papiol, S. ; Parkhomenko, E. ; Pato, M. T. ; Paunio, T. ; Pejovic-Milovancevic, M. ; Perkins, D. O. ; Pietiläinen, O. ; Pimm, J. ; Pocklington, A. J. ; Powell, J. ; Price, A. ; Pulver, A. E. ; Purcell, S. M. ; Quested, D. ; Rasmussen, H. B. ; Reichenberg, A. ; Reimers, M. A. ; Richards, A. L. ; Roffman, J. L. ; Roussos, P. ; Ruderfer, D. M. ; Salomaa, V. ; Sanders, A. R. ; Schall, U. ; Schubert, C. R. ; Schulze, T. G. ; Schwab, S. G. ; Scolnick, E. M. ; Scott, R. J. ; Seidman, L. J. ; Shi, J. ; Sigurdsson, E. ; Silagadze, T. ; Silverman, J. M. ; Sim, K. ; Slominsky, P. ; Smoller, J. W. ; So, H.-C. ; Spencer, C. C. A. ; Stahl, E. A. ; Stefansson, H. ; Steinberg, S. ; Stogmann, E. ; Straub, R. E. ; Strengman, E. ; Strohmaier, J. ; Stroup, T. S. ; Subramaniam, M. ; Suvisaari, J. ; Svrakic, D. M. ; Szatkiewicz, J. P. ; Soderman, E. ; Thirumalai, S. ; Toncheva, D. ; Tosato, S. ; Veijola, J. ; Waddington, J. ; Walsh, D. ; Wang, D. ; Wang, Q. ; Webb, B. T. ; Weiser, M. ; Wildenauer, D. B. ; Williams, N. M. ; Williams, S. ; Witt, S. H. ; Wolen, A. R. ; Wong, E. H. M. ; Wormley, B. K. ; Xi, H. S. ; Zai, C. C. ; Zheng, X. ; Zimprich, F. ; Wray, N. R. ; Stefansson, K. ; Visscher, P. M. ; Adolfsson, R. ; Andreassen, O. A. ; Blackwood, D. H. R. ; Bramon, E. ; Buxbaum, J. D. ; Børglum, A. D. ; Cichon, S.FZJ* ; Darvasi, A. ; Domenici, E. ; Ehrenreich, H. ; Esko, T. ; Gejman, P. V. ; Gill, M. ; Gurling, H. ; Hultman, C. M. ; Iwata, N. ; Jablensky, A. V. ; Jonsson, E. G. ; Kendler, K. S. ; Kirov, G. ; Knight, J. ; Lencz, T. ; Levinson, D. F. ; Li, Q. S. ; Liu, J. ; Malhotra, A. K. ; McCarroll, S. A. ; McQuillin, A. ; Moran, J. L. ; Mortensen, P. B. ; Mowry, B. J. ; Nothen, M. M. ; Ophoff, R. A. ; Owen, M. J. ; Palotie, A. ; Pato, C. N. ; Petryshen, T. L. ; Posthuma, D. ; Rietschel, M. ; Riley, B. P. ; Rujescu, D. ; Sham, P. C. ; Sklar, P. ; Clair, D. S. ; Weinberger, D. R. ; Wendland, J. R. ; Werge, T. ; Daly, M. J. ; Sullivan, P. F. ; O'Donovan, M. C. ; Børglum, A. D. ; Demontis, D. ; Rajagopal, V. M. ; Als, T. D. ; Mattheisen, M. ; Grove, J. ; Werge, T. ; Mortensen, P. B. ; Pedersen, C. B. ; Agerbo, E. ; Pedersen, M. G. ; Mors, O. ; Nordentoft, M. ; Hougaard, D. M. ; Bybjerg-Grauholm, J. ; Bækvad-Hansen, M. ; Hansen, C. S.
2019
Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature
London
This record in other databases: 
Please use a persistent id in citations: doi:10.1038/s41588-019-0364-4
Abstract: Transcriptomic imputation approaches combine eQTL reference panels with large-scale genotype data in order to test associations between disease and gene expression. These genic associations could elucidate signals in complex genome-wide association study (GWAS) loci and may disentangle the role of different tissues in disease development. We used the largest eQTL reference panel for the dorso-lateral prefrontal cortex (DLPFC) to create a set of gene expression predictors and demonstrate their utility. We applied DLPFC and 12 GTEx-brain predictors to 40,299 schizophrenia cases and 65,264 matched controls for a large transcriptomic imputation study of schizophrenia. We identified 413 genic associations across 13 brain regions. Stepwise conditioning identified 67 non-MHC genes, of which 14 did not fall within previous GWAS loci. We identified 36 significantly enriched pathways, including hexosaminidase-A deficiency, and multiple porphyric disorder pathways. We investigated developmental expression patterns among the 67 non-MHC genes and identified specific groups of pre- and postnatal expression.
Contributing Institute(s):
- Strukturelle und funktionelle Organisation des Gehirns (INM-1)
Research Program(s):
- 571 - Connectivity and Activity (POF3-571) (POF3-571)
Appears in the scientific report
2019
Database coverage: ; BIOSIS Previews ; Clarivate Analytics Master Journal List ; Current Contents - Life Sciences ; Ebsco Academic Search ; IF >= 25 ; JCR ; NCBI Molecular Biology Database ; Nationallizenz
; SCOPUS ; Science Citation Index ; Science Citation Index Expanded ; Web of Science Core Collection
guest ::
PDF
PDF (PDFA)