Journal Article

FZJ-2014-01720

http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png Using ancestry-informative markers to identify fine structure across 15 populations of European origin

Huckins, L. M. (Corresponding author) ; Boraska, V. ; Franklin, C. S. ; Floyd, J. A. B. ; Southam, L. ; Boraska, V. ; Franklin, C. S. ; Floyd, J. A. B. ; Thornton, L. M. ; Huckins, L. M. ; Southam, L. ; Rayner, N. W. ; Tachmazidou, I. ; Klump, K. L. ; Treasure, J. ; Lewis, C. M. ; Schmidt, U. ; Tozzi, F. ; Kiezebrink, K. ; Hebebrand, J. ; Gorwood, P. ; Adan, R. A. H. ; Kas, M. J. H. ; avaro, A. F. ; Santonastaso, P. ; Fernández-Aranda, F. ; Gratacos, M. ; Rybakowski, F. ; Dmitrzak-Weglarz, M. ; Kaprio, J. ; Keski-Rahkonen, A. ; Raevuori, A. ; Van Furth, E. F. ; Slof-Op t Landt, M. C. T. ; Hudson, J. I. ; Reichborn-Kjennerud, T. ; Knudsen, G. P. S. ; Monteleone, P. ; Kaplan, A. S. ; Karwautz, A. ; Hakonarson, H. ; Berrettini, W. H. ; Guo, Y. ; Li, D. ; Schork, N. J. ; Komaki, G. ; Ando, T. ; Inoko, H. ; Esko, T. ; Fischer, K. ; Männik, K. ; Metspalu, A. ; Baker, J. H. ; Cone, R. D. ; Dackor, J. ; DeSocio, J. E. ; Hilliard, C. E. ; O'Toole, J. K. ; Pantel, J. ; Szatkiewicz, J. P. ; Taico, C. ; Zerwas, S. ; Trace, S. E. ; Davis, O. S. P. ; Helder, S. ; Bühren, K. ; Burghardt, R. ; de Zwaan, M. ; Egberts, K. ; Ehrlich, S. ; Herpertz-Dahlmann, B. ; Herzog, W. ; Imgart, H. ; Scherag, A. ; Scherag, S. ; Zipfel, S. ; Boni, C. ; Ramoz, N. ; Versini, A. ; Brandys, M. K. ; Danner, U. N. ; de Kove, C. ; Hendriks, J. ; Koeleman, B. P. C. ; Ophoff, R. A. ; Strengman, E. ; van Elburg, A. A. ; Bruson, A. ; Clementi, M. ; Degortes, D. ; Forzan, M. ; Tenconi, E. ; Docampo, E. ; Escaramís, G. ; Jiménez-Murcia, S. ; Lissowska, J. ; Rajewski, A. ; Szeszenia-Dabrowska, N. ; Slopien, A. ; Hauser, J. ; Karhunen, L. ; Meulenbelt, I. ; Slagboom, P. E. ; Tortorella, A. ; Maj, M. ; Dedoussis, G. ; Dikeos, D. ; Gonidakis, F. ; Tziouvas, K. ; Tsitsika, A. ; Papezova, H. ; Slachtova, L. ; Martaskova, D. ; Kennedy, J. L. ; Levitan, R. D. ; Yilmaz, Z. ; Huemer, J. ; Koubek, D. ; Merl, E. ; Wagner, G. ; Lichtenstein, P. ; Breen, G. ; Cohen-Woods, S. ; Farmer, A. ; McGuffin, P. ; Cichon, S.FZJ* ; Giegling, I. ; Herms, S. ; Rujescu, D. ; Schreiber, S. ; Wichmann, H.-E. ; Dina, C. ; Sladek, R. ; Gambaro, G. ; Soranzo, N. ; Julia, A. ; Marsal, S. ; Rabionet, R. a. ; Gaborieau, V. ; Dick, D. M. ; Palotie, A. ; Ripatti, S. ; Widén, E. ; Andreassen, O. A. ; Espeseth, T. ; Lundervold, A. ; Reinvang, I. ; Steen, V. M. ; Hellard, S. L. ; Mattingsda, M. ; Ntalla, I. ; Bencko, V. ; Foretova, L. ; Janout, V. ; Navratilova, M. ; Gallinger, S. ; Pinto, D. ; Scherer, S. W. ; Aschauer, H. ; Carlberg, L. ; Schosser, A. ; Alfredsson, L. ; Ding, B. ; Klareskog, L. ; Padyukov, L. ; Finan, C. ; Kalsi, G. ; Roberts, M. ; Logan, D. W. ; Peltonen, L. ; Ritchie, G. R. S. ; Courtet, P. ; Guillame, S. ; Jaussent, I. ; Barrett, J. C. ; Estivill, X. ; Hinney, A. ; Sullivan, P. F. ; Collier, D. A. ; Zeggini, E. ; Bulik, C. M. ; Anderson, C. A. ; Barrett, J. C. ; Floyd, J. A. ; Franklin, C. S. ; McGinnis, R. ; Soranzo, N. ; Zeggini, E. ; Sambrook, J. ; Stephens, J. ; Ouwehand, W. H. ; McArdle, W. L. ; Ring, S. M. ; Strachan, D. P. ; Alexander, G. ; Bulik, C. M. ; Collier, D. A. ; Conlon, P. J. ; Dominiczak, A. ; Duncanson, A. ; Hill, A. ; Langford, C. ; Lord, G. ; Maxwell, A. P. ; Morgan, L. ; Peltonen, L. ; Sandford, R. N. ; Sheerin, N. ; Soranzo, N. ; Vannberg, F. O. ; Barrett, J. C. ; Genotyping, D. N. A. ; Blackburn, H. ; Chen, W.-M. ; Edkins, S. ; Gillman, M. ; Gray, E. ; Hunt, S. E. ; Langford, C. ; nengut-Gumuscu, S. ; Potter, S. ; Rich, S. S. ; Simpkin, D. ; Whittaker, P. ; Sullivan, P. F. ; Bulik, C. M. ; Collier, D. A. ; Tyler-Smith, C. ; Zeggini, E. ; Tachmazidou, I.

2014
Stockton Press Basingstoke

This record in other databases:      

Please use a persistent id in citations: http://hdl.handle.net/2128/5956  doi:10.1038/ejhg.2014.1

Abstract: The Wellcome Trust Case Control Consortium 3 anorexia nervosa genome-wide association scan includes 2907 cases from 15 different populations of European origin genotyped on the Illumina 670K chip. We compared methods for identifying population stratification, and suggest list of markers that may help to counter this problem. It is usual to identify population structure in such studies using only common variants with minor allele frequency (MAF) >5%; we find that this may result in highly informative SNPs being discarded, and suggest that instead all SNPs with MAF >1% may be used. We established informative axes of variation identified via principal component analysis and highlight important features of the genetic structure of diverse European-descent populations, some studied for the first time at this scale. Finally, we investigated the substructure within each of these 15 populations and identified SNPs that help capture hidden stratification. This work can provide information regarding the designing and interpretation of association results in the International Consortia.European Journal of Human Genetics advance online publication, 19 February 2014; doi:10.1038/ejhg.2014.1.

---

Contributing Institute(s):

1. Strukturelle und funktionelle Organisation des Gehirns (INM-1)

Research Program(s):

1. 333 - Pathophysiological Mechanisms of Neurological and Psychiatric Diseases (POF2-333) (POF2-333)

Appears in the scientific report 2014

---

Database coverage:
; ; ; BIOSIS Previews ; Current Contents - Life Sciences ; JCR ; NCBI Molecular Biology Database ; SCOPUS ; Science Citation Index ; Science Citation Index Expanded ; Thomson Reuters Master Journal List ; Web of Science Core Collection

---