Journal Article

FZJ-2016-04815

http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png Determining crystal structures through crowdsourcing and coursework

Horowitz, S. (Corresponding author) ; Koepnick, B. ; Martin, R. ; Tymieniecki, A. ; Winburn, A. A. ; Cooper, S. ; Flatten, J. ; Rogawski, D. S. ; Koropatkin, N. M. ; Hailu, T. T. ; Jain, N. ; Koldewey, P. ; Ahlstrom, L. S. ; Chapman, M. R. ; Sikkema, A. P. ; Skiba, M. A. ; Maloney, F. P. ; Beinlich, F.FZJ* ; Caglar, A. ; Coral, A. ; Jensen, A. E. ; Lubow, A. ; Boitano, A. ; Lisle, A. E. ; Maxwell, A. T. ; Failer, B. ; Kaszubowski, B. ; Hrytsiv, B. ; Vincenzo, B. ; de Melo Cruz, B. R. ; McManus, B. J. ; Kestemont, B. ; Vardeman, C. ; Comisky, C. ; Neilson, C. ; Landers, C. R. ; Ince, C. ; Buske, D. J. ; Totonjian, D. ; Copeland, D. M. ; Murray, D. ; Jagieła, D. ; Janz, D. ; Wheeler, D. C. ; Cali, E. ; Croze, E. ; Rezae, F. ; Martin, F. O. ; Beecher, G. ; de Jong, G. A. ; Ykman, G. ; Feldmann, H. ; Chan, H. P. P. ; Kovanecz, I. ; Vasilchenko, I. ; Connellan, J. C. ; Borman, J. L. ; Norrgard, J. ; Kanfer, J. ; Canfield, J. M. ; Slone, J. D. ; Oh, J. ; Mitchell, J. ; Bishop, J. ; Kroeger, J. D. ; Schinkler, J. ; McLaughlin, J. ; Brownlee, J. M. ; Bell, J. ; Fellbaum, K. W. ; Harper, K. ; Abbey, K. J. ; Isaksson, L. E. ; Wei, L. ; Cummins, L. N. ; Miller, L. A. ; Bain, L. ; Carpenter, L. ; Desnouck, M. ; Sharma, M. G. ; Belcastro, M. ; Szew, M. ; Szew, M. ; Britton, M. ; Gaebel, M. ; Power, M. ; Cassidy, M. ; Pfützenreuter, M. ; Minett, M. ; Wesselingh, M. ; Yi, M. ; Cameron, N. H. T. ; Bolibruch, N. I. ; Benevides, N. ; Kathleen Kerr, N. ; Barlow, N. ; Crevits, N. K. ; Dunn, P. ; Silveira Belo Nascimento Roque, P. S. ; Riber, P. ; Pikkanen, P. ; Shehzad, R. ; Viosca, R. ; James Fraser, R. ; Leduc, R. ; Madala, R. ; Shnider, S. ; de Boisblanc, S. ; Butkovich, S. ; Bliven, S. ; Hettler, S. ; Telehany, S. ; Schwegmann, S. A. ; Parkes, S. ; Kleinfelter, S. C. ; Michael Holst, S. ; van der Laan, T. J. A. ; Bausewein, T. ; Simon, V. ; Pulley, W. ; Hull, W. ; Kim, A. Y. ; Lawton, A. ; Ruesch, A. ; Sundar, A. ; Lawrence, A.-L. ; Afrin, A. ; Maheshwer, B. ; Turfe, B. ; Huebner, C. ; Killeen, C. E. ; Antebi-Lerrman, D. ; Luan, D. ; Wolfe, D. ; Pham, D. ; Michewicz, E. ; Hull, E. ; Pardington, E. ; Galal, G. O. ; Sun, G. ; Chen, G. ; Anderson, H. E. ; Chang, J. ; Hewlett, J. T. ; Sterbenz, J. ; Lim, J. ; Morof, J. ; Lee, J. ; Inn, J. S. ; Hahm, K. ; Roth, K. ; Nair, K. ; Markin, K. ; Schramm, K. ; Toni Eid, K. ; Gam, K. ; Murphy, L. ; Yuan, L. ; Kana, L. ; Daboul, L. ; Shammas, M. K. ; Chason, M. ; Sinan, M. ; Andrew Tooley, N. ; Korakavi, N. ; Comer, P. ; Magur, P. ; Savliwala, Q. ; Davison, R. M. ; Sankaran, R. R. ; Lewe, S. ; Tamkus, S. ; Chen, S. ; Harvey, S. ; Hwang, S. Y. ; Vatsia, S. ; Withrow, S. ; Luther, T. K. ; Manett, T. ; Johnson, T. J. ; Ryan Brash, T. ; Kuhlman, W. ; Park, Y. ; Popović, Z. ; Baker, D. ; Khatib, F. ; Bardwell, J. C. A.

2016
Nature Publishing Group London

This record in other databases:      

Please use a persistent id in citations: http://hdl.handle.net/2128/12327  doi:10.1038/ncomms12549

Abstract: We show here that computer game players can build high-quality crystal structures. Introduction of a new feature into the computer game Foldit allows players to build and real-space refine structures into electron density maps. To assess the usefulness of this feature, we held a crystallographic model-building competition between trained crystallographers, undergraduate students, Foldit players and automatic model-building algorithms. After removal of disordered residues, a team of Foldit players achieved the most accurate structure. Analysing the target protein of the competition, YPL067C, uncovered a new family of histidine triad proteins apparently involved in the prevention of amyloid toxicity. From this study, we conclude that crystallographers can utilize crowdsourcing to interpret electron density information and to produce structure solutions of the highest quality.

---

Contributing Institute(s):

1. Zelluläre Biophysik (ICS-4)

Research Program(s):

1. 552 - Engineering Cell Function (POF3-552) (POF3-552)

Appears in the scientific report 2016

---

Database coverage:
; ; ; ; BIOSIS Previews ; Current Contents - Agriculture, Biology and Environmental Sciences ; Current Contents - Life Sciences ; Current Contents - Physical, Chemical and Earth Sciences ; DOAJ Seal ; IF >= 10 ; JCR ; NCBI Molecular Biology Database ; SCOPUS ; Science Citation Index ; Science Citation Index Expanded ; Thomson Reuters Master Journal List ; Web of Science Core Collection ; Zoological Record

---