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FZJ-2026-05049

http://join2-wiki.gsi.de/foswiki/pub/Main/Artwork/join2_logo100x88.png Code and simulation results of the paper: '3D U-Net Segmentation Improves Root System Reconstruction from 3D MRI Images in Automated and Manual Virtual Reality Work Flows'

Selzner, T. (Data Collector)FZJ* ; Berns, A. E.FZJ* ; Schnepf, A. (Data Manager)FZJ*

2025

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Please use a persistent id in citations: doi:10.5281/ZENODO.17305899

Abstract: This file contains the code and simulation results supporting the paper:  “3D U-Net Segmentation Improves Root System Reconstruction from 3D MRI Images in Automated and Manual Virtual Reality Work Flows”. DOI: https://doi.org/10.34133/plantphenomics.0076

Keyword(s): neural networks ; root architecture ; environmental modelling ; agriculture ; magnetic resonance imaging ; plant water relations ; hydraulic conductivity

Note: + Grant that is not in the system: SCHN 1361/3-1 Weiterentwicklung funktional-struktureller Modellierung von Wurzelwachstum und Wurzel-Boden-Interaktionen basierend auf automatischer Rekonstruktion von Wurzelsystemen aus MRIDeutsche Forschungsgemeinschaft

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Contributing Institute(s):

1. Agrosphäre (IBG-3)

Research Program(s):

1. 2173 - Agro-biogeosystems: controls, feedbacks and impact (POF4-217) (POF4-217)
2. BonaRes - (Modul A, Phase 2): Soil3-II - Nachhaltiges Unterbodenmanagement, Teilprojekt C (031B0515C) (031B0515C)
3. BonaRes (Modul A): Nachhaltiges Unterbodenmanagement - Soil³, Teilprojekt 3 (031B0026C) (031B0026C)
4. DFG project G:(GEPRIS)390732324 - EXC 2070 PhenoRob2 - Robotik und Phänotypisierung für Nachhaltige Nutzpflanzenproduktion (390732324) (390732324)
5. EXC 2070:  PhenoRob - Robotics and Phenotyping for Sustainable Crop Production (390732324) (390732324)

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